Distribuição de Determinantes de Resistência Antimicrobiana em Genomas de Klebsiella pneumoniae Produtores de NDM: Uma Análise Baseada em Banco de Dados
Antônio Samuel da Silva Costa
Universidade Federal Rural do Semi-Árido
Caio Augusto Martins Aires
Yago Queiroz dos Santos
Palavras-chave: genomas, epidemiologia, vigilância
Resumo
Klebsiella pneumoniae é uma bactéria Gram-negativa associada a infecções oportunistas que pertence ao grupo ESKAPE, conhecido pela resistência a antibióticos. K. pneumoniae representa uma ameaça significativa em contextos específicos, como hospitais, onde a resistência antimicrobiana e a virulência afetam o prognóstico. Além disso, um mecanismo clinicamente relevante de resistência em K. pneumoniae é a metalo-β-lactamase de Nova Délhi (NDM), uma enzima associada à resistência a β-lactâmicos e à transmissão horizontal. Este estudo utilizou o banco de dados NCBI Pathogen Detection. Esse sistema integra sequências genômicas de patógenos bacterianos e fúngicos e analisa essas sequências usando o AMRFinderPlus. Os genomas foram selecionados com os seguintes filtros: espécie (K. pneumoniae); genótipo (blaNDM); localização (Brasil); tipo de isolado (clínico); e hospedeiro (Homo sapiens), até 14 de fevereiro de 2025. Um total de 91 genomas foi selecionado, compilado em um arquivo CSV e processado usando os softwares Orange e Excel. Os isolados foram então classificados com base no método de detecção: completo, parcial ou parcial no final do contig (via BLAST) e HMM. No total, 150 genes de resistência antimicrobiana (AMR) foram encontrados. O gene ble, que codifica uma proteína de resistência à bleomicina, estava presente em todos os isolados. O gene emrD, que codifica uma bomba de efluxo envolvida na resistência a choques de baixa energia, estava presente em 60% dos isolados, a mesma prevalência do fosA (resistência à fosfomicina). O gene oqxA, resistência às fluoroquinolonas, foi encontrado em 93,4% dos isolados, enquanto o oqxB apareceu em 69,2%. O gene blaCTX-M-15, produção de ESBL, foi detectado em 85,7%. Além disso, o blaOXA-1 (também codifica uma ESBL) foi encontrado em 71,4% dos isolados, e o blaTEM-1 em 68,1%. O gene sul2, resistência às sulfonamidas, estava presente em 64,8% dos isolados. O gene parC foi detectado em 62,6%, enquanto os genes de aminoglicosídeos aph(3")-Ib e aph(6)-Id foram encontrados em 53,8% dos isolados. O gene aac(6')-Ib-cr, relacionado à resistência a quinolonas e aminoglicosídeos, estava presente em 52,7% dos isolados. Além disso, os demais genes de resistência foram identificados em frequências variando de 48,3% a 1,1% dos isolados. Esses achados revelam uma ampla diversidade de mecanismos de resistência em K. pneumoniae produtora de NDM no Brasil, enfatizando a importância da vigilância genômica e dos bancos de dados.